Паходжанне вірусаў, не ўстаноўлена. Прыхільнікі адной гіпотэзы лічаць іх прадуктам рэгрэсіўнай эвалюцыі мікаплазмаў або другіх бактэрый; прыхільнікі другой сцвярджаюць, што іх продкамі з'яўляюцца генетычныя структуры тыпу плазмідаў і транспазонаў; згодна з трэцяй гіпотэзай, іх прымаюць за першасную даклетачную форму жыцця, якая пасля з'яўлення клетачнай формы перайшла да паразітычнага спосабу жыцця.