Таксаномія вірусаў, паводле сучаснай універсальнай сістэмы, для таксаноміі вірусаў умоўна выбраны тры іерархічныя ўзроўні: сямейства, род і від. Унутрывідавыя таксоны абазначаны як падвід, тып, варыянт, штам. Асноўным крытэрыем для аб'яднання вірусаў у адно сямейства з'яўляецца агульнасць паходжання. Крытэрыі для выдзялення родаў больш разнастайныя. Неабходнасць таксона «від» усімі прызнаецца, але ў большасці родаў такое раздзяленне не праведзена. Галоўнымі таксанамічнымі крытэрыямі з'яўляюцца тып нуклеінавай кіслаты (РНК, ДНК), наяўнасць знешняй абалонкі - суперкапсіду (ёсць ці няма), форма вірыёна (ізаметрычная, палачкападобная, кулепадобная, змешаная), структура генома (пазітыўны, негатыўны, бесперапынны, фрагментарны, мона-, дзі- і мульціпартыдны). Для падвідавых таксонаў таксама выкарыстоўваюць антыгенную структуру, круг гаспадароў і іншыя крытэрыі (гл. класіфікацыя вірусаў).