У амфібій мускулатура больш дыферэнцыравана, чым у рыб. Першасная сегментацыя мускулатуры застаецца больш ці менш выразнай толькі ў некаторых брушных і спінных мышцах. Захоўваецца парная сегментаваная мышца, якая ідзе ад галавы да канца хваста. У амфібій развіваецца складана арганізаваная мускулатура свабодных канечнасцей, якая забяспечвае розныя рухі. Ускладняецца і спецыялізуецца мускулатура тулава і асабліва ротавай поласці, якая ўдзельнічае як у захопліванні і глытанні корму, так і ў дыханні.
Больш дыферэнцыраваная і ўскладненая мускулатура ў рэптылій. У іх адбываецца амаль поўнае расчляненне сегментальнай мускулатуры на асобныя мышцы і групы мышцаў. Так, спінная мускулатура дзеліцца на 3 групы мышцаў, якія выгінаюць і фіксуюць пазваночнік. Развіваецца магутная жавальная мускулатура. У сувязі са з'яўленнем шыйнага аддзела дыферэнцыруецца шыйная мускулатура, якая кіруе рухамі галавы і шыі. У змей спінная мускулатура добра развіта і ўскладнена. У чарапах у сувязі з абмежаваннем рухомасці спіны яна ў значнай меры рэдуцыруецца. Мускулатура канечнасцей ускладняецца, забяспечваючы больш разнастайныя іх рухі. Стужкападобныя мышцы тулава не толькі выгінаюць цела, але і ўдзельнічаюць у руху канечнасцей. У некаторых рэптылій (змей, яшчарак) з'яўляецца падскурная мускулатура, якая зменьвае становішча рагавых лускавінак і ўдзельнічае ў перамяшчэнні цела. У сувязі з рэберным дыханнем развіваецца характэрная для ўсіх амніётаў міжрэберная мускулатура, якая адыгрывае важную ролю пры дыханні. Хуткія і складаныя рухі рэптылій запатрабавалі стабілізацыі становішча ўнутраных органаў за кошт узмацнення мышцаў брушнога прэса.
