Панцыр, цвёрдае касцявое вонкавае покрыва, якое выконвае ў жывёл ахоўную функцыю. Найбольш тыповы ў чарапах, некаторае падабенства панцыра ёсць у кракадзілаў і іншых рэптылій. Панцыр чарапах - складанае касцявое ўтварэнне мезадэрмальнага слоя і часткі шкілета, складаецца з спіннога шчыта - карапакса і брушнога - пластрона. Карапакс складаецца з акасцянелых шчыткоў, асцістых адросткаў пазванкоў і спінных рэбраў. 3 брушных рэбраў і элементаў плечавога пояса ў чарапах развіваецца магутны касцявы брушны шчыт. Карапакс і пластрон пакрыты буйнымі сіметрычнымі рагавымі шчыткамі. 3 ростам на шчытках утвараюцца так званыя кольцы росту, аналагічныя гадавым слаям дрэў. Нярэдка, асабліва ў маладым узросце, іх колькасць адпавядае ўзросту асобіны. У балотнай чарапахі спінны і брушны шчыты злучаны паміж сабой рухома пры дапамозе звязкі з сухажылляў. Брушны шчыт раздзелены папярочнай звязкай на пярэднюю і заднюю часткі, аднак іх рухомасць ледзь прыкметная. Рагавыя шчыткі карапакса афарбаваны ў цёмна-аліўкавы або бура-карычневы колер з густа рассыпанымі дробнымі жоўтымі плямкамі і рысачкамі. На пластроне шчыткі ад жаўтаватага да цёмна-бурага адцення. Спераду і ззаду панцыр мае адтуліны, праз якія высоўваюцца канечнасці, галава і хвост. У некаторых відаў (скурыстай і мяккацелай чарапах) рагавыя шчыткі развіваюцца толькі ў маладым узросце, а потым знікаюць. Іх панцыр пакрыты тоўстым слоем скуры. Форма панцыра звязана са спосабам жыцця чарапах: у водных форм яна больш плоская, абцякальная, з гладкімі шчыткамі, а ў наземных панцыр высокі, купалападобны, з рэльефнымі шчыткамі. Даўжыня карапакса балотнай чарапахі адносна невялікая, звычайна 17-19 см, зрэдку да 30 см (у Беларусі не больш за 11-22 см). Даўжыня карапакса найбольш буйных прадстаўнікоў атрада чарапах дасягае 2 м, у самых дробных у дарослым стане не перавышае 12 см.
